【2025年最新！超簡単】ｅ－ＴＡＸで医療費控除！申告手順全１３ステップ

こんにちは、みみほこです！

私たち夫婦は不妊治療で毎月高額な医療費の支払いをしています。

その負担を少しでも減らそうと「医療費控除」の申告を行い毎年還付金を受け取っています。

ただ、この医療費控除には確定申告を行う必要があり「難しい」、「面倒くさそう」そんなイメージがありました。

今回はこういった疑問にお答えします。

この記事を書いている私は妊活歴２年、その内約１年半人工授精や体外・顕微受精などの不妊治療をしています。

本記事では「マイナンバーカード」をスマートフォンで読み取りするｅ-ＴＡＸ（ＷＥＢ）による「医療費控除」の申請方法をスッテプ順にご紹介！

注意点やよくある質問などを含めて簡単解説していきます。

【はじめに】医療費控除を受けるためには

はじめに、医療費控除を受けるための簡単な医療費控除の知識についてご説明します。

まず医療費控除とは、「１年間に支払いをした医療費が１０万円を超える場合、確定申告により所得税が還付される」制度のひとつです。

医療費控除（確定申告）の提出方法

医療費控除（確定申告）の提出方法は３種類あります。

それぞれの提出方法には、メリット・デメリットがありますが今回はｅ-ＴＡＸ（ＷＥＢ）による「マインバーカード読み取り」の提出方法で解説していきます。

本記事ではｅ-ＴＡＸ（ＷＥＢ）の申告手順について下記の通り具体的に説明していきます。

窓口提出の場合は下記のステップ１だけ行って管轄の税務署まで行きましょう！

各提出方法のメリット・デメリットについて解説しているページがあったので「どの方法が良いのか分からない方」はこちらをチェック！

準備するもの

確定申告に必要な書類は下記の通り

医療費控除を行うためには、領収書が必ず必要となります。

また医療費控除等の領収書は５年間の保存義務がありますので、申請後も無くさないよう保管しておいて下さい。

万が一捨ててしまった場合は再発行するなどして手元に用意する必要があります。

【1/13】医療費をまとめる

まず、手元にある治療費領収書や医療費通知書など１年間にかかった医療費を治療を受けた人別、病院・薬局などの支払先別に整理しましょう。

私は普段から病院から帰るとこのドキュメントボックスに入れて整理しています、年度末慌てなくていいのでオススメです！

次に、人別・支払先別で分けた領収書の総額を算出します。

支払先が少なく、金額は少額な場合は電卓で計算して総額をメモしておきましょう。

私の場合支払先も多く、金額も大きいためエクセルでまとめて総額を算出しています。

私が医療費控除集計で使っているフォーマットはこちらからダウンロードいただけます！

医療費控除対象の治療費用

医療費控除は病院・薬局等発行の全ての領収書が対象になるわけではありません。

例えば、人間ドッグの健康診断費用や美容整形などの治療費用、不妊治療患者がよく使用しているようなサプリメントの購入代金も控除対象外です。

人工授精や体外受精などの基本的な不妊治療にかかる費用や漢方や鍼灸院等の治療費、公共機関の交通費は控除の対象となります。

不妊治療の控除対象、控除非対象の治療項目については詳しいページがあったのでこちらをチェック！

【２/13】国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にログインする

これで確定申告の準備が整いましたので、ＰＣで確定申告を行っていきます。

まず、国税庁の「国税庁 確定申告書等作成コーナー」にアクセスし、「作成開始」をクリック！

【３/13】事前確認

前述の通り、今回はｅ-ＴＡＸの「マイナンバーカード読み取り」で申告します。

その申請をする上で必要になってくるのが読み取りに対応したスマートフォンです。

読み取りするには、スマートフォンで「マイナポータルアプリ」をダウンロードする必要があります。

提出方法に関する質問に回答し、「スマートフォンを使用する」を選択します。

令和○年分の申告書等の作成

主人はサラリーマンで「医療費控除」と「ふるさと納税」以外申告しないため、【所得税】をクリック

マイナポータル連携の選択

マイナポータル連携の事前準備をして希望するのであれば、「連携する」を選択します。

マイナポータル連携についてはこちらをチェック！

マイナポータルアプリをインストールする

お手持ちのスマートフォンで「マイナポータルアプリ」をダウンロードします。

「次にマイナポータルへ移動して、マイナンバーカード又はスマホ用電子証明書による認証を行います」を確認し、案内に沿って操作していきます。

e-Taxの登録状況の確認

事前準備もあと少し！

登録内容を確認し、次に進む。

「マイナポータル連携」の情報取得の質問に回答し申告書等作成するにうつります。

【4/13】申告準備

申告する所得の選択をしていきます。

（何度も言いますが、申告する主人はサラリーマンで他に所得を受け取っていないため、このような回答になります。）

※サラリーマンの場合でも転職等によって源泉徴収票が２枚になる場合がありますので、ご注意下さい。

【5/13】収入金額・所得金額の入力

「給与所得」をクリックし次へ

次に源泉徴収票の入力から【入力する】をクリック

次の画面で表示される画面の通り、お手元の源泉徴収票を見ながら入力していきます。

【6/13】控除の入力

その他医療保険に加入しているのに、源泉徴収票の保険欄に記載がない場合など必要な控除項目から入力してください。

【7/13】医療費控除の入力

では今回１番重要な「医療費控除」の入力を行っていきます。

一定額を超える医療費などを支払った方の「医療費控除」をクリック

今回は「医療費控除」なので、【医療費控除】を選択

どちらが良いのかわからない方へは下部の【控除額を試算する】でシミュレーションしてみましょう。

次に「医療費通知」がお手元にあればそれを見ながら入力。

我が家は保険適用外の診療も多いので【医療費の領収書等入力】を選択し入力していきます。

医療費の領収書等入力をしていきます。

「医療を受けた方の氏名」と「病院・薬局などの支払先の名称」を入力し、医療費の区分を選択します。

次に【Ａ.支払った医療費の額】を入力しますが、領収書１枚ずつの金額ではなく治療を受けた人別、病院・薬局別の総額でＯＫです！

先程紹介した医療費控除集計フォーマットでいう「A．支払った医療費合計」の金額を入力して下さい。

次に【Ｂ.Aのうち生命保険や社会保険などで補填される金額】とあります。

私の場合不妊治療で市から「特定不妊治療助成事業の助成金」を受給しているのでその金額を入力します。

その他医療保険など保険会社から保険金等を受け取った際もBに入力が必要になりますので必ず入力して下さい。

「生命保険や社会保険などで補てんされる金額」が分からない方、このページで詳しく解説されています！

【8/13】寄附金控除（ふるさと納税）の入力

我が家はふるさと納税も活用していますので、入力していきます。

【寄付金控除】をクリック

「証明書等の内容を入力する」から入力をしていきます。

寄附金の種類から「市区町村に対する寄附金（ふるさと納税など）」を選択し、各自治体から送られてきた寄附金受領証明書を見ながら１枚の証明書につき１件ずつ入力していきます。

ワンストップ特例申請書ですでに提出していた場合、医療費控除等で確定申告を行うと全て無効になるのでここで必ず再申告してください！

【9/13】その他控除の入力

「配偶者控除」をクリック

配偶者が退職した場合やパートまたは専業主婦など配偶者の収入が少ない場合控除の対象となる可能性がありますので必ずチェックしましょう！

私が専業主婦なのでここの回答は以下の通り。

他にどんな控除が自分は申告できるのか確認をしたい方はこちらを参考に！

【10/13】計算結果《還付金額大公開！》

ここで全ての入力が完了すると、還付金の確認ができます。

ちなみに２０２４年度の還付金は１０万円ほどでした！

【11/13】還付方法等の入力

希望する受取方法・通知方法を選択し、入力していきます。

【12/13】住民税等に関する事項と基礎情報入力

「財産債務調書、住民税等に関する事項」は申告の条件にあてはまる方は入力をしてください。

次に基本情報、マイナンバーの入力をします。

【13/13】申告書等の送信・印刷

申告内容に誤りがないか最終確認をして問題がなければ

マイナンバーカード又はスマホ用電子証明書を利用してe-Tax送信します。

もう一度アプリを起動して手順に沿って送信していきます。

「申告書等を表示する」から書類をダウンロード、印刷し【終了】です！

よくある質問【不妊治療のあれこれ】

年をまたいで助成金を受給する場合の申告方法は？

確定申告時、助成金の金額が確定している場合は未だ受給していなくてもその金額を申告しましょう。

医療費控除の上限200万を超えた場合どうなるの？

医療費控除には上限があります。

「１年間の医療費」ー「保険料等の補てん金額」ー「１０万円」＝医療費控除額

この医療費控除額の上限200万円を超えてしまった場合、申告者を分けて申請しましょう。

医療費の支払いにおいて、必ずしも医療を受けた人がその支払をするわけではないという観点から申告者を分けて申告することが可能です。

夫婦どちらが申告した方が節税できるか詳しく知りたい方はこちらもチェック！

送信完了したけど本当に受付されてる？確認する方法は？

もし受付されているか不安であれば管轄の税務署の窓口へ尋ねるか、電話で問い合わせしましょう。

その際最後に印刷した「申告書等送信書（兼送付書）」に記載の受付番号を伝えてください。

すぐに現在の状況を確認してもらえます。

その他不明点がある場合どうしたらいい？

「確定申告電話相談センター」へ問い合わせをしましょう。

各担当者からすぐに回答してもらえます。

まとめ【手順を踏めば超簡単！】

取り掛かるまでは本当に面倒くさくて、間違えないかとか不安もあって億劫ですが取り掛かりさえすれば簡単です。

この手順の通り入力していくだけ！

初めての確定申告は窓口でも良いかもしれませんが、毎年平日に行列覚悟で挑むのもしんどいです。

自宅で申告できるｅ-ＴＡＸでの方法をこの際覚えてみませんか？